自20世紀90年代初以來，北京大學的科研經費分為基礎研究經費、應用研究經費和實驗開發經費。資金投入由1993年的3.79億元增加到2016年的161.5億元，研發支出由1993年的3.38億元增加到2016年的125.38億元。北京大學的資金轉移和支出呈現出兩階段的發展。第一階段為1993年至1998年，資金配置由1993年的3.79億元增加到1998年的10.51億元，支出由1993年的3.38億美元增加到9.06億美元。六年內撥款和支出增長近三倍。第二階段是1999年至2016年。資金配置由1999年的11.29億元增加到2016年的161.5億元。資金投入由1999年的7.82億元增加到2016年的125.38億元。在這18年期間，分配的資金增加了14倍，支出增加了16倍。
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